值得注意的是，临床使用中，低分子量肝素存在血小板减少症（HIT）的风险。当机体针对肝素-血小板因子4（platelet factor 4，PF4）复合物或低分子肝素-PF4复合物产生抗体时，可能引发不可逆的血小板聚集、减少，甚至是血栓形成，这将严重威胁患者生命安全。[6]
低分子肝素中的杂质可能作为免疫激动剂或通过影响低分子肝素与PF4的相互作用等方式增强低分子肝素的免疫原性。杂质包括肝素中存在的天然杂质 （包括残留蛋白、核酸、脂质等）和工艺相关杂质。
为保证低分子肝素制剂的疗效以及安全性，需从源头进行全程严格控制。肝素原料始于屠宰场收集的猪肠黏膜。每一批次的肝素都必须从供应链循迹排查，以确保每一支肝素产品都能够追溯到屠宰场甚至养殖场。同时为了确保原料来源是猪，还需要采取qPCR方法进行检测筛查，以控制可能的的牛、羊等其他来源肝素的污染。
肝素制剂行业具有较高的技术壁垒，在从肝素粗品提纯到肝素原料药的过程中，技术工艺和质量控制水平是关键因素。由于低分子肝素类产品对生产环境、工艺和设备等要求较高以及严格的监管等因素，低分子肝素生产商高度集中在龙头企业中，新进入者较少。
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