普通肝素、低分子肝素、磺达肝素，均可用于预防和治疗静脉栓塞和肺动脉栓塞，并用于不稳定性绞痛和心肌梗塞患者。
肝素(UFH)通过与ATⅢ结合并抑制Ⅱa因子和Ⅹa因子活性而发挥抗栓、抗凝作用，而与ATⅢ的结合是通过随机分布于肝素分子中特定的五糖分子调控的，肝素与ATⅢ、Ⅹa结合，使Ⅹa而发挥抗栓作用，这一过程需5个糖基单位即可；
同样肝素与ATⅢ、Ⅱa结合，使Ⅱa发挥抗栓作用，这一过程需18个糖基单位为条件，而肝素总量中大于18个糖基单位的量约占90%，而低分子肝素H总量中大于18个糖基单位的量不超过50%，这就决定了低分子肝素具有较高的抗Ⅹa因子活性及较低的Ⅱa因子活性。所以低分子肝素具有抗血栓形成作用强和抗凝血作用弱的特点。
低分子肝素和肝素具有不同的抗凝活性与它的相对分子质量及其分布有很大关系，LMWH的抗Ⅹa因子与抗Ⅱa因子效价比随着相对分子质量的降低而增大，抗凝活性降低，抗栓作用增强。
普通肝素和低分子肝素，可用于支架置入或冠状动脉球囊形成术来预防栓塞。磺达肝素可明显增加导管血栓和冠脉并发症风险，不宜用于PCI患者。
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