在临床上，目前肝素可用来治疗及预防深静脉血栓、肺栓塞、动脉栓塞，也可用于治疗心肌梗塞以及不稳定型心绞痛。通常以静脉注射方式给药，也可以应用在采血管以及血液透析机。值得一提的是，近几十年来,血液透析、心肺分流术、骨科、血管和重建手术等医学技术的不断进步促进了直接与生物组织接触的人工材料的迅速发展。由于任何外物与血液接触都会导致血液产生各种应急反应,最终引发凝血,导致医疗器械的闭塞和栓塞,这极大限制了材料在医学领域的应用。因此,提高体外循环中材料的生物相容性,特别是血液相容性是解决问题的关键。而肝素作为强大的抗凝物质，已经作为一种涂层应用于医疗器械领域。国外已经有多款上市产品，而国内仍处于研发阶段。目前生物医学材料表面肝素固定原理可归纳为物理法和化学法。物理法即通过机械包埋、分子链之间的缠绕和渗透、被有孔材料吸附等方式将肝素固定到生物材料表面，从而达到将肝素固定化的目的。化学法即通过肝素分子链上丰富的反应性官能基团，如磺酸基、氨基、羧基等与目标材料表面上相应的可反应基团进行反应，以离子键或以共价键的方式将之固定到生物材料表面。肝素涂层技术只是改善生物材料组织相容性和血液相容性的一个开始，相信将来更智能的生物材料或肝素涂层出现，并可与药物涂层结合，从而最大程度地减轻对患者机体内环境和循环系统的侵扰。
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