首先，先来看看进口药物的清关要求，我国进口药品管制规定由《中华人民共和国药品管理法》确定，其中三十九条规定药品进口，必须经国务院药品监督管理部门组织审查，经审查确认符合质量标准且安全有效的，方可批准进口，并发给进口药品注册证书。
第四十条规定，药品必须从允许药品进口的口岸进口，并由进口药品的企业向口岸所在地监督管理部门登记备案，海关凭药品监督管理部门出具的《进口药品通关单》放行。口岸所在地药品监督管理部门应通知药品检验机构按照国务院药品监督管理部门的规定对进口药品进行抽查检验。目前允许药品进口的口岸城市有19个，分别为北京市、天津市、上海市、大连市、青岛市、成都市、武汉市、重庆市、厦门市、南京市、杭州市、宁波市、福州市、广州市、深圳市、珠海市、海口市、西安市、南宁市。对于生物制品以及首次在在中国国内销售的药品和国务院规定的其他药品指定进口口岸有3个：分别为北京、上海和广州。
除了以上口岸，为了解决边贸药材进口需求，还有20个边境口岸作为中药材通关口岸，由对应的边境口岸药品检验所负责检验，这20个口岸分别是黑龙江省黑河、东宁，吉林省集安、长白、图们、三合，内蒙古自治区二连浩特、满洲里，广西凭祥、东兴、龙邦，云南省瑞丽、天保、景洪、河口，新疆阿拉山口、霍尔果斯、吐尔尕特、红其拉甫，西藏自治区樟木。
值得注意的是，最近海南拟出台一项新的措施，按规定进口药企业从海南自由贸易港允许药品进口的口岸进口药品，向口岸所在地药品监督管理部门备案，无须办理进口药品通关单，海关办理通关手机时无须核验进口药品通关单。但该项规定目前还在向社会征求意见阶段，到真正实施应该还需要很长一段时间。
除了常规药物，放射性药品进口必须符合我国的药品标准或其他药用要求，并依照《药品管理法》的规定取得进口药品注册证书。进口麻醉药品和国家规定范围内的精神药品，必须持有国务院药品监督管理部门发给的《进口准许证》《出口准许证》。
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