由于普通肝素最早在103年前从狗的肝脏中提取出来，遂被命名为肝素。尽管我们早已不从动物肝脏中提取肝素，但仍然避免不了向动物进行“索取”，当今大规模工业生产的肝素，主要来源是猪肠粘膜。因普通肝素来源于提取而非合成，故很难获得纯净的化合物，因此普通肝素是分子量从3K至30K的多糖混合物，平均约15K。
得益于化工技术的进展，我们逐渐可以通过不同方法将肝素依据分子量进行分离。1976年E.A. Johnson等人突发奇想，将2种不同分子量的肝素（平均分子量9K与22K）皮下注射给健康志愿者，发现分子量对抗X因子活性有巨大影响，从此学界开始了对LMWH的大规模研究。
随着分子量的下降，肝素对Xa因子的拮抗作用越强，对IIa因子的拮抗作用越弱；抗Xa/抗IIa的比值越高，出血风险越低。目前用到的LMWH平均分子量在5K左右，如果将普通肝素的抗Xa：抗IIa作为1：1，那么LMWH的抗Xa：抗IIa为2-4：1，全人工合成的磺达肝葵钠（分子量1.5K）甚至可达1：0。随着分子量下降，肝素在体内的半衰期也越来越长，因此可以减少注射次数；而且，分子量下降后诱发HIT的风险也就更小，肝素系列中分子量最小的磺达肝葵钠甚至可以用于HIT患者的抗凝。
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