肝素通常指的是低分子肝素或普通肝素，属于抗凝剂。低分子肝素和普通肝素的不良反应较为相似，并有多种情况，没有最常见不良反应的说法，但存在较为常见的不良反应，包括出血、皮肤血肿、皮肤坏死，以及过敏反应、肝功能异常、高钾血症等。建议在医生指导下应用肝素等药物，若是注射该药后有不适反应，需直接找医生就诊，进行针对性治疗。
1、出血：肝素毒性较低，但由于个体差异或药物过量，可能会造成自发性出血，是较为常见的不良反应。表现为皮下出血，或注射部位出血，严重者可以出现凝血功能异常，如消化系统、泌尿系统等重要脏器出血；
2、皮肤血肿：部分患者可能会在注射部位出现较小的血肿，或可伴随较硬的结节，但血肿可能会随着时间的延长逐渐消失，结节也可逐渐消退。如持续不缓解时，可局部进行热敷缓解症状；
3、皮肤坏死：在注射后，患者的皮肤可能会出现坏死，常发生于注射部位，但范围较小，其常表现为局部紫癜，或可伴随浸润或疼痛性的少许红斑，通常无其他特异性症状。此时建议立即停药，并保持皮肤的干燥和清洁；
4、过敏反应：少数患者可有过敏反应，表现为乏力、皮疹、发热、瘙痒、鼻炎、哮喘，以及心前区存在紧迫感或呼吸短促；
5、肝功能异常：有部分患者还出现肝功能异常，例如转氨酶的增高，通常为一过性，建议及时停药并密切观察病情；
6、高钾血症：个别患者可能会出现可逆性高钾血症，考虑与肝素诱发的醛固酮抑制有关，常见于合并危险因素的患者，如心血管疾病等；
7、其他不良反应：对于普通肝素，若长期使用，可能会出现骨质疏松、自发性骨折等较常见的不良反应，静注可能导致短暂性的血小板减少，长期使用可能会形成血栓。由于肝素不易通过胎盘屏障，孕妇应用可能导致早产或死胎。
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