使用肝素锂盐（肝素锂）作为抗凝剂的试管、真空采血管和毛细管通常标有绿色贴纸和绿色顶部。肝素与EDTA相比具有不影响大多数离子水平的优势。但是，如果血样中的肝素浓度过高，离子钙的浓度可能会降低。然而，肝素会干扰一些免疫测定。由于通常使用肝素锂，因此无法从这些管子中获得一个人的锂含量；为此，宝蓝色顶部（和深绿色顶部）含钠的真空容器使用肝素。
肝素涂层血氧器可用于心肺机。除其他外，这些专门的氧合器被认为通过提供与天然内皮相似的特性来提高整体生物相容性和宿主体内平衡。
RNA聚合酶上的DNA结合位点可以被肝素占据，阻止聚合酶与启动子DNA结合。这一特性在一系列分子生物学分析中得到了利用。
常见的诊断程序需要对患者的DNA进行PCR扩增，这种DNA很容易从用肝素处理的白细胞中提取。这带来了一个潜在的问题，因为肝素可能与DNA一起被提取，并且已发现在50μL反应混合物中低至0.002U的水平会干扰PCR反应。
肝素已被用作色谱树脂，既可用作亲和配体，又可用作离子交换剂。它的聚阴离子结构可以模拟DNA和RNA等核酸，使其可用于纯化核酸结合蛋白，包括DNA和RNA聚合酶和转录因子。肝素对VSV-G的特异性亲和力，一种病毒包膜糖蛋白，通常用于假型逆转录病毒和慢病毒载体用于基因治疗，可用于病毒载体的下游纯化。
肝素正以鼻喷雾剂的形式进行试验，以预防COVID-19感染。此外，其试验报告称，由于抗病毒、抗炎及其抗凝血作用，对于受到COVID-19感染的患者，其吸入率可以提高70%。
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