肝素钠为白色或类白色粉末，无味，有引湿性，易溶于水，不溶于乙醇、丙酮等有机溶剂。在水溶液中有强负电荷，能与一些阳离子结合成分子络合物。水溶液在pH值7时较稳定。
肝素钠是一种含有硫酸基的酸性粘多糖类天然抗凝血物质。肝素是分子量大小各异的一簇酸性粘多糖混合物的统称，具有由六糖或八糖重复单位构成的线形链状分子，分子量在3000到30000之间，平均分子量15000左右。肝素钠结构式主要由两个结构单位构成：结构单位1是：GlcNHR-6-OSO3-GlcA-GlcNSO3-3,6-2-OSO3-IdoA-2-OSO3-GlcNSO3-6-OSO3。结构单位2是：IdoA-2-OSO3-GlcNSO3-6-OSO3。肝素钠在组织内和其它粘多糖一起与蛋白质结合成复合物，因此肝素制备过程包括肝素蛋白质复Chemicalbook合物的提取，解离和肝素的分离纯化两个步骤。肝素分子中含有硫酸基与羧基，呈强酸性，为聚阴离子，能与阳离子反应成盐。这些阳离子包括金属阳离子：Ca2+,Na+,K+,有机碱的长链吡啶化合物，如十六烷基氯化吡啶(CPC)、番木鳖碱、碱性染料-天青A，阳离子表面活性剂（长链季铵盐）如十六烷基三甲基溴化铵；阳离子交换剂和带正电的蛋白质如鱼精0蛋白等。肝素结构中的N-硫酸基与抗凝血作用密切相关，如遭到破坏其抗凝血活性则降低。N-硫酸基对酸水解敏感，在碱性条件下相当稳定。肝素分子中游离羟基被酯化，如硫酸化，抗凝活性也下降，乙酰化不影响其抗凝活性。
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