1、最常见出血，可能发生任何部位。
2、常见寒战、发热、荨麻疹等过敏反应。
3、长期用药可致脱发和短暂的可逆性秃头症、骨质疏松和自发性骨折。
4、注射局部可见局部刺激、红斑、轻微头痛、血肿、溃疡等。肌内注射后更严重，因此不宜肌内注射。
5、尚见短暂的血小板减少症。肝素诱发的血小板数减少（HIT）是由于肝素-血小板4因子抗体复合物结合于血小板4因子受体所致。可激活血小板聚集，造成小动脉栓塞。虽少见，但可致死。如出现HIT应立即停用肝素。
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